確かにセントラルパーク動物園の檻の中で、ライオンのアレックスは百獣の王を演じてきました。しかしじつのところ、弱肉強食の法則が支配し、鋭い爪と大きな胃袋を持つものだけが生き残る（と考えられている）野生の王国は、アレックスの好みではありません。彼はもっと、繊細なところをもったナイスガイなのです。

しかし、アレックスがインド洋の砂浜につくった「自由の女神」はあっけなく炎上してしまい、彼のニューヨークへの思いは、揺るぎないというよりは儚（はかな）いものに思えてきます。他方で、最初は野生の王国と思われたマダガスカル島も、飛行機の残骸のなかで怪しげな集会を開くキツネザルや、南極で暮らせなかったペンギンたち（そのうちの一匹はスシも握るようです）の登場によって、何だか違う場所に見えてきます。

アレックスは「野生にかえる」ことを拒否して、もとの動物園のスターに戻るのか、それとも…という問題をめぐって、映画のストーリーが展開してゆきますが、「飼育」か「野生」かという選択肢が徐々に後退してゆくところに、面白さがあります。公式サイトの説明を読むと、何だか子供向けのアニメ映画みたいな扱いですが、むしろ『シュレック』同様、年齢をとわず楽しめる映画と思われます。